Olá, Carol.
Sua leitura está no caminho certo: a alteração precisa estar formalizada por escrito, e a apuração tem que seguir o regime que estava efetivamente vigente em cada período — não a escala antiga.
1) A escala 12x36 depende de acordo escrito, e a suspensão dela também.
O art. 59-A da CLT exige acordo individual escrito, convenção coletiva ou acordo coletivo para o regime 12x36. Vale conferir a CCT da categoria, porque muitas restringem o 12x36 à norma coletiva e não aceitam acordo individual. Se para instituir o 12x36 houve documento, a interrupção temporária dele merece o mesmo tratamento: um termo aditivo ou comunicado escrito, assinado pelo empregado, indicando data de início (05/06), data de retorno (21/07), o motivo (cobertura de férias e reforma na portaria) e a jornada aplicada no intervalo. É esse papel que sustenta a alteração diante do art. 468 da CLT, que só admite alteração das condições contratuais por mútuo consentimento e sem prejuízo ao empregado. Sem ele, a empresa fica sem prova de que a mudança foi combinada e temporária.
2) De 05/06 a 20/07 o parâmetro é a jornada comum, não a escala 12x36.
Enquanto ele esteve em 8 horas diárias, valem as regras gerais: limite de 8h diárias e 44h semanais (art. 7º, XIII, da Constituição); repouso semanal remunerado de 24 horas consecutivas, preferencialmente aos domingos (art. 67 da CLT e Lei 605/49); intervalo intrajornada mínimo de 1 hora para jornadas acima de 6 horas (art. 71 da CLT); e intervalo interjornada mínimo de 11 horas (art. 66 da CLT).
Ou seja, os dias que seriam folga pela escala 12x36 não geram, por si sós, pagamento adicional — a escala estava suspensa naquele período. O que gera consequência é o descumprimento das regras do regime que passou a valer.
3) O ponto de risco é a informação de que ele trabalhou todos os dias.
Se em alguma semana faltou o descanso de 24 horas consecutivas, o dia trabalhado sem folga compensatória na mesma semana deve ser pago em dobro, sem prejuízo da remuneração do próprio repouso. É o que diz a Súmula 146 do TST e o art. 9º da Lei 605/49. Vale reconstruir o período semana a semana (de domingo a sábado) e marcar em quais delas o repouso não foi concedido nem compensado.
4) Horas extras e reflexos.
Tudo o que passou de 8 horas diárias ou 44 semanais no período é hora extra, com adicional mínimo de 50% (art. 7º, XVI, da Constituição), salvo percentual maior na CCT. Sendo habituais, refletem no DSR (Súmula 172 do TST) e, na sequência, em férias com 1/3, 13º e FGTS. Atenção a um ponto que costuma passar batido: o TST alterou o entendimento sobre a repercussão do DSR majorado por horas extras habituais nas demais verbas, com modulação a partir de 20/03/2023. Como o seu caso é de junho e julho de 2026, aplica-se o entendimento novo.
Um detalhe do 12x36 ajuda a entender a lógica da separação: pelo parágrafo único do art. 59-A, a remuneração mensal do regime já abrange o descanso semanal remunerado e os feriados. Fora da escala, essa presunção deixa de valer — mais uma razão para apurar os períodos separadamente.
5) O que fazer, na ordem:
- Extrair os registros de ponto de todo o período e conferir se refletem a jornada real. O controle de jornada é obrigatório para estabelecimentos com mais de 20 empregados (art. 74, §2º, da CLT), e a Portaria MTP 671/2021 detalha os sistemas admitidos.
- Emitir e colher assinatura do termo de alteração temporária, com período e motivo, ainda que agora de forma retroativa. Melhor formalizar tarde do que não formalizar.
- Fechar a apuração por semana: horas extras acima de 8h/44h, adicional noturno se houve, repouso trabalhado sem compensação (em dobro) e os reflexos.
- Conferir a transição de 20/07 para 21/07: ao voltar ao 12x36, é preciso ter havido as 11 horas de interjornada e, idealmente, o descanso de 36 horas próprio da escala.
- Checar a CCT antes de fechar. Percentual de horas extras, regras de compensação e condições para o 12x36 costumam ser mais rígidos do que a CLT.
Se a folha do período já foi fechada sem esses valores, dá para lançar as diferenças como complemento na competência seguinte, com rubrica identificada, e ajustar o eSocial por S-1200 retificadora do mês correspondente.
Espero que ajude.
